Кыргызско-Российский Славянский университет открыт в 1993 году в соответствии с Договором о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи между Кыргызской Республикой и Российской Федерацией и на основе Соглашения между Правительствами дружественных стран.

Символический ключ от университета Председателю попечительского совета КРСУ академику Н.П.Лаверову вручил Президент России Борис Николаевич Ельцин. С тех пор имя первого Президента России неразрывно связано с деятельностью первого межгосударственного образовательного учреждения в системе высшего профессионального образования. В октябре 1995 года Б.Н.Ельцину первому было присвоено звание Почетного доктора КРСУ.

Во время своих посещений Кыргызстана Б.Н.Ельцин неизменно уделял внимание КРСУ. Он первым вручил именные стипендии лучшим студентам университета, помогал развивать гуманитарное сотрудничество, способствовал продвижению образовательных, социальных и культурных проектов КРСУ.

Созданный в 2000 году, Фонд Б.Н.Ельцина уделяет особое внимание наиболее перспективным студентам КРСУ (ежегодная стипендиальная программа), оплачивает интернет-ресурсы, оказывает помощь в приобретении высокотехнологичного оборудования, проведения различного рода конкурсов и олимпиад в поддержку русского языка и русскоязычного образования среди учащихся средних школ и вузов республики.

Фонд Б.Н.Ельцина принял участие в создании Центра русского языка в Кыргызстане, который способствует активной интеграции в единое образовательное и культурное пространство с Россией.

В 2004 году в знак признания выдающихся заслуг Бориса Николаевича Ельцина в развитии Кыргызско-Российских отношений и его решающего вклада в основание КРСУ университету было присвоено имя Первого Президента России.

Четырьмя годами позже в дни празднования 15-летия КРСУ в фойе главного корпуса университета был установлен бронзовый бюст Б.Н.Ельцина.