Планово-финансовое управление (ПФУ) является структурным подразделением университета, осуществляющим работу по экономическому планированию деятельности Университета. Планово-финансовое управление руководствуется в своей деятельности Межгосударственным Соглашением, постановлениями Правительства Кыргызской Республики и Правительства Российской Федерации, Уставом университета, решениями Ученого Совета, приказами, распоряжениями Министерства образования и науки Кыргызской Республики и Российской Федерации и другими нормативно-правовыми документами обоих государств.

Возглавляет планово-финансовое управление начальник управления, который работает под непосредственным руководством ректора.
Должностной состав и численность сотрудников планово-финансового управления устанавливается в соответствии со штатным расписанием университета. Обязанности должностных лиц определяются и закрепляются соответствующими должностными инструкциями.

Основными задачами и функциями Планово-финансового управления (ПФУ) являются:

• экономическое планирование, организация и регулирование финансово-хозяйственной деятельности университета;
• составление смет доходов и расходов в разрезе источников финансирования и видов деятельности университета;
• формирование консолидированного бюджета университета на очередной финансовый год и обеспечение своевременного и полного поступления средств по всем направлениям деятельности университета;
• контроль и анализ исполнения смет доходов и расходов в разрезе источников финансирования;
• разработка предложений и рекомендаций о совершенствовании планирования и финансирования на основе поквартального и годового анализа расходов на содержание университета;
• обобщение и анализ статистических и отчетных данных о финансировании университета;
• осуществление подготовки оперативных справок руководству по фактическому финансированию университета за счет всех источников финансирования;
• учет и систематизация руководящих документов по вопросам планово-финансовой деятельности университета, организация их своевременного изучения с соответствующими должностными лицами;
• осуществление контроля за соблюдением штатно-финансовой дисциплины, правильностью применения тарифных ставок, окладов, а также действующих норм трудового законодательства;
• проверка и сопровождение кадровых приказов на прием, увольнение и перевод работников на предмет соответствия наименования подразделений утвержденной структуре, должностей, устанавливаемых размеров должностных окладов по оплате труда; обязательных и стимулирующих выплат, действующих в университете согласно положения об оплате труда работников университета.
• определение стоимости и расчет экономического обоснования всех видов платных услуг, осуществляемых университетом.
• участие в составлении финансовой и статистической отчетности, различных экономических обоснований, справок, ведение переписки по вопросам, входящим в компетенцию управления;

Сотрудники Планово-финансового управления:

1. Байхомбаева Дильбар Каримовна – начальник управления;
2. Джаманкулова Анара Абдыжапаровна – заместитель начальника;
3. Терская Ирина Юрьевна – ведущий специалист;
4. Ярошенко Елена Павловна – ведущий специалист.