Пландык-финансылык башкаруу (ПФБ) Университеттин экономикалык пландаштыруу боюнча иштерди жүзөгө ашыруучу түзүмдүк бөлүмү болуп саналат. Пландык-финансылык башкаруу өз ишинде Мамлекеттер аралык макулдашууну, Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн жана Россия Федерациясынын Өкмөтүнүн токтомдорун, Университеттин Уставын, Окумуштуулар кеңешинин чечимдерин, КРнын жана РФнын Билим берүү жана илим министрлигинин буйруктарын, жана эки мамлекеттин башка нормативдик-укуктук документтерин жетекчиликке алат.

Пландык-финансылык башкарууну түздөн-түз ректордун көзөмөлү астында иштеген бөлүмдүн башчысы башкарат. Пландык-финансылык башкаруунун расмий түзүмү жана кызматкерлеринин саны университеттин штаттык ырааттамасына ылайык белгиленет. Кызмат адамдарынын милдеттери тийиштүү кызматтык нускамалар менен аныкталат жана бекитилет.

ПФБнын негизги милдеттери жана функциялары:

• университеттин финансы-чарба ишмердүүлүгүн экономикалык жактан пландоо, уюштуруу жана жөнгө салуу;
• университеттин ишмердүүлүктөрүнүн түрү боюнча каржылоо булактарына тиешелүү кирешелердин жана чыгымдардын сметаларын түзүү;
• кийинки финансылык жылга университеттин консолидацияланган бюджетин түзүү жана университеттин ишинин бардык багыттары боюнча акча каражаттарынын өз убагында жана толук келип түшүшүн камсыз кылуу;
• каржылоо булактарына тийешелүү кирешелердин жана чыгашалардын сметаларынын аткарылышын көзөмөлдөө жана талдоо;
• университетти кармоого кеткен чыгымдарды кварталдык жана жылдык талдоонун негизинде пландаштырууну жана каржылоону өркүндөтүү боюнча сунуштарды жана сунуштамаларды иштеп чыгуу;
• университетти каржылоо боюнча статистикалык жана отчеттук маалыматтарды жалпылоо жана талдоо;
• каржылоонун бардык булактарынын эсебинен университеттин иш жүзүндөгү каржылоосун башкаруу үчүн ыкчам маалыматтарды даярдоо;
• университеттин пландык-финансылык иш-аракеттери боюнча жетекчилик документтерин эсепке алуу жана тутумдаштыруу, аларды тиешелүү кызмат адамдары менен өз убагында изилдөөнү уюштуруу;
• штаттык-финансылык тартиптин сакталышын, тарифтик чендердин, эмгек акылардын, ошондой эле колдонуудагы эмгек мыйзамдарынын туура колдонулушун көзөмөлдөөнү жүзөгө ашыруу;
• кызматкерлерди кабыл алуу, бошотуу жана которуу боюнча кадрлык буйруктарында бекитилген түзүмгө, кызматка, эмгек акысын төлөө боюнча кызмат акыларынын аныкталган өлчөмүн; университеттин кызматкерлерине эмгек акы төлөө жөнүндөгү жобого ылайык университетте колдонулуп жаткан милдеттүү жана кызыктыруучу төлөмдөрдү бөлүмдөрдүн аталышына ылайык келишин текшерүү жана коштоо.
• университет тарабынан аткарылган акы төлөнүүчү кызматтардын бардык түрлөрүнүн наркын аныктоо жана экономикалык негиздемесин эсептөө.
• башкаруунун компетенциясына кирген маселелер боюнча финансылык жана статистикалык отчетторду, ар кандай экономикалык негиздемелерди, маалымкаттарды, кат-кабарларды даярдоого катышуу;