Клиническими базами для прохождения ординатуры служат ведущие лечебно-профилактические учреждения республики и г. Бишкека:
- Национальный центр кардиологии и терапии,
- Национальный госпиталь,
- Национальный центр онкологии,
- Научный центр гематологии,
- Национальный центр фтизиатрии,
- Хирургическая клиника им. академика Ахунбаева И.К.,
- Республиканский центр психического здоровья,
- Республиканский центр дерматовенерологии,
- Республиканская инфекционная клиническая больница,
- Национальный центр охраны материнства и детства,
- Городская детская клиническая больница скорой медицинской помощи,
- Городская клиническая больница №1,
- Городской роддом № 2,
- Аламединская территориальная больница,
- Чуйская областная больница,
- Республиканский диагностический центр,
- Центр реконструктивно-восстановительной хирургии,
- Республиканское бюро судебно-медицинской экспертизы,
- Республиканское патологоанатомическое бюро,
- Городской перинатальный центр,
- Клиника профессора Г.У. Асымбековой,
- Городская гинекологическая больница,
- Бишкекский научно-исследовательский центр травматологии и ортопедии,
- Научный центр урологии и андрологии,
- ОсОО «Стоматология» и др.
