В докторантуру принимаются лица, имеющие степень кандидата наук. Подготовка докторантов осуществляется по очной форме. Срок подготовки докторантов три года.

Заявление о приеме в докторантуру подается на имя ректора с 1 по 20 сентября.

Документ, удостоверяющий личность, и диплом о присуждении ученой степени кандидата наук, предъявляются поступающим в докторантуру лично.

Ректор рассматривает документы поступающего в докторантуру и на основании заключения соответствующей кафедры (отдела, лаборатории) и решения ученого совета или научно-технического совета университета издает приказ о зачислении.

Лица, зачисленные в докторантуру, освобождаются от занимаемых должностей в соответствии с трудовым законодательством. Зачисленным за счет средств бюджета, стипендия выплачивается со дня зачисления, но не ранее дня увольнения с предыдущего места работы.

Срок подготовки в докторантуре засчитывается в стаж научно-педагогической и научной работы.
В период подготовки докторант обязан выполнить план подготовки диссертации и представить завершенную диссертацию на кафедру для получения соответствующего заключения.

Для оказания помощи докторанту в проведении диссертационных исследований приказом ректора назначается научный консультант из числа докторов наук. При необходимости в качестве консультанта могут привлекаться ведущие ученые и специалисты сторонних учебных и научных учреждений, организаций.

Ежегодно кафедры и ученые советы факультетов проводят аттестацию докторантов, по результатам которой принимается решение о дальнейшем пребывании их в докторантуре.

Докторант, не выполняющий план работы над диссертацией, отчисляется из докторантуры приказом ректора университета.

Докторант, отчисленный до окончания срока из докторантуры, может быть восстановлен на оставшийся срок приказом ректора при наличии вакантных мест.

Лица, прошедшие полный курс подготовки в докторантуре, не переводятся на должности научных сотрудников для подготовки докторской диссертации.

Подготовка докторантов в пределах установленных контрольных цифр осуществляется за счет соответствующих бюджетов КР/РФ.

Контрольные цифры приема в докторантуру за счет средств бюджета устанавливают министерства образования и науки КР/РФ. Подготовка докторантов сверх контрольных цифр приема может осуществляться по договорам с оплатой стоимости обучения физическими или юридическими лицами.

Докторантам, зачисленным в счет контрольных цифр приема, выплачиваются государственные стипендии, и предоставляются ежегодные каникулы продолжительностью два месяца.

Докторанты имеют право на оплачиваемую работу при условии выполнения ими плана работы над диссертацией.

Оплата труда научных консультантов докторантов производится из расчета 50 часов в год на одного докторанта.